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Se han realizado pocos estudios sobre este pueblo indígena. En la época precolombina, vivían en la parte central de la Mosquitia. Hondureña y en el noroeste del departamento de Olancho y hasta la última mitad del siglo XVII, ocupaban toda la comarca entre los ríos Aguán, Patuca y el mar; eran además dueños del litoral de la región desde Caratasca hasta el cabo Gracias a Dios, frontera con Nicaragua. Lehmann y otros creen que las Islas de la Bahía también estuvieron ocupadas por los pech. Fundamentan esta propuesta en que, en 1622, indígenas de las Islas de la Bahía fueron utilizados como intérpretes por una expedición misionera entre los Pech de tierra firme.
Descendientes también de grupos distintos de la cultura mesoamericana del suroccidente y centro de Honduras, los sumos constituían tribus selváticas y nómadas, que a la llegada de los españoles recorrían el curso medio del río Patuca, en lo que es el actual departamento de Gracias a Dios. Conocidos por los españoles como taguacas, son descritos por aquéllos como indóciles y belicosos, tanto en sus relaciones con los indios lencas como con los conquistadores y misioneros. Un grupo pequeño de ellos sigue viviendo cerca de ese río.
Algunos autores coinciden en que el pueblo misquito surgió en el siglo XVII, de una mezcla social y biológica de bawinkas, tawahkas (sumos), africanos y europeos. Linda Newson afirma que no existen referencias a los misquitos y al parecer éstos surgieron a inicios del período colonial, emergiendo durante el siglo XVII. La referencia más temprana a los misquitos según Newson, la hace el bucanero Exquemelin, quien, en 1672, observó que formaban una pequeña nación de 1600 a 1700 habitantes. En 1681, Dampier, haciendo un estimado más conservador, observó que, No son más que una pequeña nación o familia, y no hay 100 hombres de ellos en número, habitando la tierra firme al norte, cerca del cabo Gracias a Dios; entre el cabo Honduras y Nicaragua. Se ha sugerido, y parece probable, que los mosquitos sean un grupo puramente histórico que se origino en la mezcla de indígenas Sumos con negros que naufragaron en los Cayos Mosquitos en 1641. En 1711, el Obispo de Nicaragua describió así el origen de los "Zambos ó Misquitos":
Durante el siglo XVI, el término Jicaque (a veces escrito Xicaque o Hicaque) parece haber sido utilizado por los mexicanos para designar a los habitantes originales no-mexicanos de Honduras, luego fue aplicado más ampliamente a cualquier grupo no-converso u hostil de la zona hacia el sur, hasta Nicaragua y Costa Rica. A pesar de la confusión en el uso de los términos Xicaque y Jicaque, Greenberg y Swadesh han identificado el Jicaque como una lengua distinta perteneciente al tronco lingüístico Hokan-Sioux. El término Jicaque o Xicaque, como en la actualidad se determina este grupo, tiene también denominaciones como la de "tol", tolupán, torrupán. Actualmente en Honduras se usa el termino tolupán, para definir a este grupo étnico. Si retrocedemos en el tiempo, encontramos que este grupo tenía como frontera el Valle de Sula. Evidencias lingüísticas del siglo XVI, muestran que el Valle de Sula era punto de reunión entre los mayas y tolupanes, cuya cultura era menos compleja que la de los mesoamericanos (los mayas) y típico de los pueblos centroamericanos (todos los que no eran mayas). La ubicación de los tolupanes en el inicio de la colonización española está sujeta a discusión. Los cálculos más conservadores los ubican desde la desembocadura del río Ulúa hasta las inmediaciones de Trujillo, haciendo de frontera hacia el interior del país (aproximadamente) lo que hoy son los límites norteños de los departamentos de Comayagua, Francisco Morazán y Olancho. Por los rasgos históricos y etnográficos disponibles, se deduce que los tolupanes durante la época prehispánica, constituían un grupo cazador-recolector que se dispersaba por una amplia región y que su re-plegamiento hacia las zonas más abruptas del interior de la plataforma del caribe de Honduras se debe a la captura y explotación de que fueron objeto por parte de los conquistadores.
Los Chortís por su filiación etnolingüística son descendientes directos de los Mayas, responsables de la cultura de Copán, Quiriguá y demás ciudades australes del viejo imperio. Los científicos comparten la idea de que los Chortís son de la familia maya y de la rama lingüística chol. Culturalmente y lingüísticamente, los Chortís están emparentados con los chontales de Tabasco y con los choles de Chiapas (México). Los Choles y los Chortís ya se habían separado antes de la conquista española; los primeros se dirigieron hacia el noroeste y los segundos permanecieron en la región original. Según fuentes antropológicas e históricas, los Chortís son el resultado de la fusión de diferentes pueblos. Los pipiles fueron uno de estos pueblos que influyeron decisivamente en la región pues, por la introducción del mercado, minaron toda la antigua estructura de circulación de bienes reglamentada por costumbres ligadas al parentesco. El signo de esta convivencia entre pipiles y chortís continuó por muchos siglos, al cabo de los cuales estos pueblos fueron absorbidos por la cultura Maya. El aparecimiento del dialecto chortí dentro del idioma chol, fue el resultado del encuentro con otros pueblos. No se sabe a ciencia cierta si fueron los Chortís quienes edificaron Copán el hecho históricamente cierto y, al mismo tiempo, incuestionable es que, en la época de la conquista castellana (1530) los Chortís habitaban Copán y comarcas circunvalantes y que su Ajav o Rey se opuso tenazmente a las fuerzas expedicionarias que comandaban Hernando de Chávez y Pedro Amalín.
Honduras alberga muchos indígenas, desde las tribus americanas nativas hasta las más recientes como los Garífunas. Los Garífunas, que también son conocidos como los caribes negros o los garinagu, son descendientes de los indios caribes y los esclavos africanos negros que naufragaron en la isla de San Vicente. Estas dos culturas se entrelazaron y dieron nacimiento a un pueblo que pudo preservar su cultura a pesar de la discriminación, migración, interacción y reasentamiento. En 197 4, había estimada mente 77,000 Garífunas dispersados en 51 comunidades diferentes. Y su cultura es una unión perfecta de sus dos ancestros. Su lengua, agricultura y religión son muy similares a las de sus ancestros caribes, mientras sus bailes, música de tambores y arte tienen una fuerte influencia africana. Pero, a pesar de haber conseguido preservar su estilo de vida, hay muchas influencias externas que amenazan su existencia.
